在高效液相分析检测样品的过程中，色谱柱会受到来自于样品及色谱系统的污染，从而导致色谱柱耐用性差、寿命缩短。
济南色谱级试剂彪仕奇：特别是对于中药、天然产物、合成中间体及生物药品的检测，因基质的复杂性，色谱柱受污染的情况会更加严重。污染会导致色谱系统压力升高、色谱柱塌陷、填料变色等，从而带来检测成本高，测试结果不准确等各种影响。
保护柱也可装填和分析柱不同的填料，如较粗颗粒的硅胶(10～15um)或聚合物填料，但甲醇生产厂彪仕奇提醒大家，柱体积不宜过大，以降低柱外效应的影响。
保护柱装填的填料较少，价格较低，其为消耗品，通常可分析50～100次样品，柱压力降呈现增大的趋向就是需要更换保护柱的信号。
现在市场供应的有结构新颖可更换柱芯式设计的保护柱，由保护柱套和可更换式保护柱芯两部分组成。
对硅胶基体的键合固定相，流动相的pH值应保持在2.5～7.0之间。具有极端值的流动相会溶解硅胶，而使键合相流失。
使用水溶性流动相时，为防止微生物繁殖引起柱阻塞，应加入0.01％的叠氮化钠，以抑制微生物的繁殖。对不洁净的样品，要使用0.45um滤膜过滤或经固相萃取器净化后再进样。
对反相C18键合相柱，除去柱中含有的缓冲溶液盐类或水溶性物质时，不应使用纯水冲洗。因为C18键合相像一条长链将硅胶黏结，当有有机溶剂存在时，其表面被流动相润湿，C18长链完全展开，像海水中的海藻一样。当纯水或缓冲溶液通过时，C18键合相与其不浸润，键合相表面会塌陷，从而将溶剂、样品分子或无机盐分子包合。此时仅用纯水无法将包合物洗脱出，应使用含5％有机溶剂的水溶液冲洗，才可清除无机盐或水溶性物质。
硅胶、氧化铝或正相键合相柱，应保存在流动相中。氰基柱不能保存在纯有机溶剂(如甲醇或乙腈)中，应保留在欲使用的流动相中；氨基柱最好保存在乙腈中，而非流动相，并且应注意不可使用丙酮作流动相。C18反相柱应保存在纯甲醇溶剂中，对填充高交联度苯乙烯-二乙烯基苯共聚微球的非极性固定相也可用此法保存。
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